近年来，我会部分会员企业依靠科技创新，积聚各类创新要素，打造企业转型核心竞争力，大力提升自主创新能力，推进企业创新梯队建设，推动新兴产业和创新集群加快发展，助推产业结构优化升级。

以新医药、新材料、新能源为代表的“三新”产业占高新技术产业总量的80%，新材料、生物医药、新能源制造业分别同比增长48.1%、25.4%和127.3%，已成为我市最具竞争力和发展潜力的新兴产业。江苏恒瑞医药、豪森药业、康缘药业3家企业进入2009年度全国制药工业百强。“连云港国家高性能纤维及复合材料高新技术产业化基地”经科技部批复建设，成为科技部在连云港市批建的第3个高新技术产业化基地，总数列苏北第一。

以连云港金康医药科技有限公司为代表的科技型中小企业得到2010年第一批国家创新基金项目支持，立项数和拨款额均创历年新高。江苏太阳雨太阳能有限公司等会员企业被认定为第二批江苏省创新型企业。